Ce musée, ouvert en 1980, sous la direction du Chanoine Marilier, répond avant tout à une volonté de sauvetage des objets.
Les richesses départementales
Il était de facto un dépôt diocésain où les œuvres s'accumulaient et étaient exposées au gré des espaces disponibles. En effet, Dijon n'étant siège d'évêché que depuis 1731, il n'y a pas de trésor de cathédrâle qui, selon les termes de la loi de 1913 sur les Monument Historiques, regrouperait le patrimoine religieux en péril du département. La Charte culturelle de 1975 remédie à cette carence : la chapelle Sainte-Anne devient un dépôt d'objets d'art sacré.
Une large part de ces œuvres (59%) a été déposée par les églises de près de 150 communes de Côte d'Or et par des communautés religieuses. La convention liant déposant et dépositaire indique que le musée s'engage à assumer la garde de l'oeuvre dans les mêmes conditions que celles lui appartenant et conservées dans le même lieu.
Le dépôt du Centre Hospitalier Universitaire
Le Centre Hospitalier Universitaire a également déposé une importante collection témoignant d'une histoire partagée entre le site des Bernardines et l'Hospice Sainte-Anne avec, notamment, la remarquable Croix dite de Christine de Suède ou les portraits des fondateurs de l'Hospice.
